Zarząd Izby wybierany jest na pierwszym nowowybranym posiedzeniu Walnego Zgromadzenia z jego członków. W skład Zarządu wchodzi Prezes Izby, Wiceprezes Izby oraz trzej członkowie.

Do właściwości Zarządu należą wszystkie sprawy Izby Rolniczej niezastrzeżone ustawą lub Statutem Izby dla innych organów, a w szczególności:

• przygotowywanie projektów uchwał Walnego Zgromadzenia
• opracowywanie projektów budżetu, wraz z planem finansowym
• przedstawianie Walnemu Zgromadzeniu do zatwierdzenia rocznych sprawozdań z działalności statutowej i finansowej
• podejmowanie uchwał w sprawach zaciągania kredytów i innych zobowiązań finansowych do wysokości ustalonej przez Walne Zgromadzenie
• ustalanie zasad wynagradzania pracowników biura Izby oraz ustalanie wysokości wynagrodzenia dyrektora biura

W posiedzeniach Zarządu Izby może uczestniczyć delegat do Krajowej Rady Izb Rolniczych, będącą reprezentacją wszystkich wojewódzkich izb rolniczych.

Zarząd Warmińsko-Mazurskiej Izby Rolniczej VII kadencji

Prezes – Romuald Tański

Wiceprezes – Marek Kuźniewski

Członek Zarządu – Piotr Miecznikowski

Członek Zarządu – Jerzy Salitra

Członek Zarządu – Robert Nowacki

oraz

Delegat do Krajowej Rady Izb Rolniczych – Łukasz Pergoł

Raz do roku Zarząd Izby ma obowiązek przedstawić, podczas obrad Walnego Zgromadzenia, sprawozdanie ze swojej działalności.